Die Ähnlichkeiten von biomolekularen Sequenzen (DNA, RNA) haben funktionelle oder strukturelle Bedeutung. Dieser Seminarbeitrag behandelt anhand von Beispielen die grundlegenden Funktionen und Algorithmen, die Sequenzen analysieren und die Ähnlichkeiten berechnen.
Zunächst arbeitet man mit Editiersequenzen, die eine Sequenz in eine andere überführen. Diese Editiersequenz muß minimiert werden um ein optimales Alignment zu finden. Eine andere Vorgehensweise definiert ein Ähnlichkeitsmaß zweier Sequenzen, das dann maximiert wird.
Neben dem Vergleich von ganzen Sequenzen werden auch Teilsequenzen betrachtet. Dazu sucht man kurze Sequenzen in einer Langen oder auch ähnliche Teilsequenzen in zwei langen Folgen.
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