Alignment-Programm:

Aufgabe ist die Berechnung von optimalen Alignments zweier RNA-, DNA- oder Protein- Sequenzen. Der Schwerpunkt besteht darin, alle optimalen Überführungen der beiden eingegebenen Sequenzen zu berechnen und in geeigneter Weise anzuzeigen. Außerdem soll als Zeitschranke für die Berechnungen O(n*m*log(n+m)) (n:=Länge von Sequenz 1, m:=Länge von Sequenz 2) und als Platzschranke O(n*m) nicht überschritten werden.

Folgende Berechnungsmöglichkeiten sind zunächst geplant und auch schon verfügbar:
  1. Berechnung von globalen Alignments, beliebige Kostenfunktionen für Insert/Delete Operationen
  2. Berechnung von globalen Alignments, biologisch relevante ('konkave') Kostenfunktionen
  3. Finde lokale optimale Alignments zwischen einer kurzen und einer langen Sequenz, 'konkave' Kostenfunktionen
  4. Finde optimale Subalignments zweier Sequenzen, 'konkave' Kostenfunktionen
Um eine einfache Bedienung zu gewährleisten, ist das Programm in eine ansprechende Oberfläche integriert. Es steht für Sun- Station und PC zur Verfügung, die unter UNIX/LINUX mit X Window betrieben werden.

Download:

(Nach dem "download" ggf. 'chmod u=rwx align_it.exe' im entsprechenden Verzeichnis eintippen, um das Programm ausführbar zu machen!)

Bildschirmausschnitt des Programms: